?

Log in

No account? Create an account
Quizzing the Anonymous
Ignoramus et ignorabimus
Recent Entries 
13th-Jan-2030 01:37 pm - [sticky post] Contents
thinking
If a man will begin with certainties, he shall end in doubts; but if he will be content to begin with doubts, he shall end in certainties. (Bacon)

Давно кругом меня о нем умолкнул слухCollapse )

Last updated on Sept 8, 2018
https://sites.google.com/site/shkrobius/table-of-lj-contents
thinking
Два года назад я рассуждал, почему с химической точки зрения вполне очевидно, что биополимеры, ответственные за хранение/копирование информации (нуклеиновые кислоты) и метаболизм (белки) должны быть разными (к ним предъявляются слишком разные требования)
https://shkrobius.livejournal.com/576657.html?thread=10477201#t10477201

Втч я предложил, что надежность копирования прото-нуклеиновых кислот с самого начала д. б. > 1е-4, т.к. иначе возникнут ошибки в структуре почти всех белковых комплексов (требующих примерно столько нуклеотидов для кодирования), и машинерия клетки не сможет надежно работать. Меня тут же спросили, почему? - и я не смог дать полностью удовлетворительного ответа.

Я обсуждал этот вопрос с молбиологами, но беседы не "пошли". Химику и молбиологу особенно трудно представить обратную ситуацию, т.к. ДНК и ДНК полимераза специально подобраны, чтобы ошибки копирования были < 1е-6. Так можно обсуждать, как жили бы люди, если бы у них ноги были длиной с милю. Если бы у них были такие ноги, то они бы не жили; конец обсуждения.

***

С тех пор у меня появились некоторые соображения.

Исходная точка рассуждения - аналогия с передачей информации в ненадежных системах коммуникации. Проблема решается дроблением потока информации на небольшие куски и подсчетом контрольных сумм, хешированием и т. д.
https://en.wikipedia.org/wiki/Checksum
Если блок передан с ошибкой, его передают его еще раз, пока не получают точную копию. Это расточительно, но что делать... Вопрос в том, как превратить эту аналогию в реалии репликации генома.

В случае частых ошибок копирование всего генома целиком безнадежно, но можно (по аналогии) копировать его ген за геном и проверять каждый ген отдельно. Точность копирования гена можно определить его транскрипцией, синтезом энзима и проверкой энзима на функциональность. Если энзим функционален - значит кодирующий участок воспроизведен удовлетворительно. К сожалению, невозможно соорудить универсальную "проверялку" функциональности, и потому задача кажется безнадежной. Я вспомнил, что в любом геноме (включая наш собственный)
http://www.pnas.org/content/107/12/5429
http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/early/2010/07/03/rspb.2010.1052
https://en.wikipedia.org/wiki/Overlapping_gene
есть немало участков, одновременно кодирующих два белка из-за сдвинутой рамки считывания. Это свойством можно воспользоваться, чтобы сделать биологический аналог контрольной суммы. "Контролем" функционального белка служит белок, синтезированный из той же последовательности, но со сдвинутой рамкой. Если второй (контрольный) белок нефункционален, нефункционален и первый белок. Остается придумать универсальную функцию контрольного белка - но эта функция очевидна из самой задачи.

Репликационная система может работать так. Рядом с каждым кодирующим участком находится некодирующая последовательность. "Контрольный" белок кодирующего участка уникально связывается с этим регуляционным участком. По факту связи между ними можно установить, что репликация регуляционного участка и кодирующей последовательности (для функционального и "контрольного" белка) были успешны. Мы знаем, что материнские последовательности безошибочны. Полимераза создает новые последовательности на основе комплементарных материнских цепочек, и они сразу транскрибируются в два белка. "Контрольные" белки каждой последовательности садятся на регулирующие участки, и служат промотерами дальнейшей репликации. Если промотер не связался с своим участком, геликазы убирают новые цепочки и репликация повторяется, пока не образуется функциональный промотер. Такая репликация продолжается от одной кодирующей последовательности к другой.

Эта репликации далека от того, что существует сегодня, хотя она содержит в себе многие элементы ныне существующей системы. Природа не пошла по пути "контрольных сумм", т.к. гораздо проще повысить надежность полимераз. Зачем же себе такое воображать? Подобной системе может не быть альтернативы, если энзиматические и информационные функции не полностью разделены.

Наверно, химически ненадежная репликация в клетке возможна, хотя она сложна и неэффективна, так как ее необходимо сделать надежной на системном уровне. Я не думаю, что проблема тут в недостатке моего воображения; это объективно трудно.
9th-Sep-2018 01:22 pm - Бабочки и готика
thinking
Один энтомолог, занимавшийся поденками, описывал для студентов облик их личинок в терминах архитектурных стилей - эта готическая, та - позднее барокко. Случайно ли совпадение пары внешних деталей? Каким образом получается, что создания природы несут в своем облике отчетливые стилистические признаки предметов искусства? Или - как получается, что стили искусства - не отдельные предметы, а большие и разнородные серии - несут черты отдельных объектов природы? Нечто проходит насквозь длинные ряды художественных форм - и вдруг узнается в каких-то природных формах. С чем бы это могло быть связано?
https://ivanov-petrov.livejournal.com/1946291.html

...Есть люди, чувствующие праузоры; они могут наблюдать за бабочками или находиться в медитации, в один момент они выхватывают праузор и впускают его в культуру-науку-индустрию.

...Творение мира - проекция платонических архетипов во всех смыслах; оттого в мире много разнообразия, и он кажется сложным. Познание (узнавание) происходит в обратном порядке: мы распознаем архетипы, и часто мы видим в разных пространствах проекцию одного архетипа.

...Стиль обусловлен внутренними "механизмами" мышления человека, а также эволюцией образной человеческой мысли в пределах культуры. А ассоциативное мышление может найти в природных формах что угодно... Гугловскoй нейросети везде собаки и дома мерещатся.

...А разве это может быть иначе? Красота ведь, как известно, в глазах смотрящего - и человек, знакомый с барокко, увидит его черты в самых неожиданных предметах. Ну, а то, что наши художественные стили отражают природные объекты, еще естественнее - что еще они могли бы отражать?

...Мы сидели у печки и вели философские беседы. Учитель, обращаясь к наиболее активным участникам, спросил: как получается что во многих культурах и религиях белый - священный цвет? Откуда такое могло взяться? Ну я и пробурчал: возможно, белый - действительно священный цвет?

...Крылья и архитектура эволюционируют. Метания от одной крайности к другой (условно, от готики к рококо и обратно) типичны для самого эволюционного процесса. Когда вокруг господствуют хитросплетения, в глаза бросается простота, когда простота - хитросплетения. Такого рода волны ожидаемы там, где цель - выделиться и, с другой стороны, формы с необходимостью меняются достаточно медленно. Я не думаю, что сходство поверхностное. Мы отмечаем сходство, потому, что оно есть, как учит притча про белый цвет.

...Я только что написала комментарий про эволюцию природы и архитектуры на примере готики: скульптура, прикладное искусство, витражи определены ею (а литературы и музыки с готическими признаками нет). Если нам природное существо (животное, растение и проч.) какими-то чертами напоминает определенный стиль, то эти черты, скорее всего, возникли – и у существа, и у стиля -- в результате одинакового эволюционного пути, который определялся основными физическими законами и средой. Взяты готические признаки (вытянутое, остроконечное, длинные лёгкие, «реброобразные» конструкции, высокие окна, витражи) и прослежена их эволюция – наследование признаков, которые способствовали выживанию физически, экономически и эстетически в данной среде. При сохранении всех переходных видов. Подробно показано на эволюции свода (это основной элемент, с которого пошла вся готика), как он укрепляется, упрощается и стабилизируется -- романский цельнолитой цилиндр - множество цельнолитых цилиндров - крестовый свод (переходный вид) - и дальше готические рёбра-нервюры, окна за счёт снизившейся нагрузки на стены, аркбутаны, витражи.

...Да. Готика в особенности, т.к. ее целью было строить на самом пределе возможного (оттого так часто храмы разваливались, но строителей это не останавливало). Но и ведь и бабочка существует на этой грани - и то несколько часов. Странно ли то, что некоторые конструкционные решения и формы похожи? Какой бы ни был материал, есть пределы того, что из него можно сделать, и способы достижения этих пределов, и их прогрессия - эволюция - будут сходны, будь то камень или хитин. Ведь и строительство небоскребов, скажем, прошло готическую фазу, хотя мотивация имела мало общего с готическими храмами. Но это не важно с точки зрения формы: важнее само желание строить как можно выше, на пределе возможного, пусть уже с другими материалами и методами. Мне кажется, что смысл остается тот же. Если бы кругом была одна готика, то готика не воспринималась бы как стиль, даже если бы она все более усложнялась. Тут важно и то, что эти стили радикально меняются. Пределы были достигнуты и, чтобы выделиться на фоне этих пределов, пришлось радикально пересмотреть сам стиль. Это столь же важно для обсуждаемого сходства, что и развитие в рамках одного стиля.
3rd-Sep-2018 03:08 pm - Семь масаев
thinking
У подножия Килиманджаро деревня, где селяне выращивают кукурузу. В засушливый период приходят слоны, закусить кукурузой и вытоптать то, что не могут съесть. Убивать и увечить слонов нельзя - в тюрьму посадят, а кушать хочется. Cеляне собираются на совет. Старший говорит: надо нанять масаев. Но чем мы им будем платить? А вы найдите голодных масаев! Делегация садится на поезд и после приключений находит масая, готового защищать поле за кукурузу. Масай нанимает помощников, вооружает крестьян палками, они идут в ночной дозор. Набег слонов. Масаи пугают слонов ручными фонариками. Cлоны бегут с поля. Слоны разворачиваются. Слоны бегут на масаев. Масаи бегут с поля. Слоны больше не обращают на масаев внимание.

Жители деревни ругают масаев. Критикуют масаев. Проклинают масаев. Главный масай садится на поезд и едет в город на рынок. Масай на рынке покупает презервативы. Масай на рынке покупает толченый перец. Масай на рынке покупает порох. Масай на рынке покупает фитили. Масай смешивает землю с перцем, вставляет в порох фитиль и засовывает все в презерватив. Масай возвращается в деревню. Ночь. Масаи в засаде. Приходят слоны. Масаи зажигают фитили и бросают презервативы в воздух. Взрывы разносят презервативы на куски. Чихая, слоны бегут с поля. Ближний план: стоящие с копьями масаи. Дальний план: селяне мотыжат кукурузу; их голоса сливаются в монотонную песню.

Романтическая линия о юном масае и селянке на стороне. Одинокий ночной взрыв.



https://www.dailymotion.com/video/x4avyeh 28:00
3rd-Sep-2018 12:47 pm - В ванной. 2
thinking
Из обсуждения в комментариях вспомнил хорошую (и правдивую) историю, которую мне когда-то рассказали, про "научную грамотность."

Б. гулял по невысокой горке (для педантов, 400 м). Он заметил, что когда температура падала ниже нуля Цельсия, лесная дорога была свободна от инея, хотя деревья были покрыты инеем. Когда температура была выше нуля, туман лежал до самой земли.

Что из этого заключил Б.?

ответ здесьCollapse )
3rd-Sep-2018 02:50 am - Авибродсковедение
thinking
Начала и концы там жизнь от взора прячет.
Покойник там незрим, как тот, кто только зачат.
Иначе -- среди птиц. Но птицы мало значат.


Быков поясняет: абсолютно проходная строка, ничего не значащая.

***

There causes and effects are drowned in murky waters.
One's corpse there lies unseen; so does, of course, one's foetus.
It's different with birds; but eggs don't beg for photos.


Комбинируя оригинал и автоперевод: человеческий эмбрион спрятан от взора как покойник, а для эмбриона в яйце ситуация другая, причем с самого начала. Посмотрел за интерес: куриное яйцо откладывается через день. Оптическая везикула появляется на 1.3 день, функциональные глаза (с хрусталиком и оптическим нервом) - на 4-й день, а полностью закрываются к самому концу (21-й день). Т.е. в яйце эмбрион почти с момента кладки не укрыт от взора - своего собственного.

У человеческого эмбриона везикулы появляются только на 22-й день, а хрусталик с оптическим нервом на 48-й день; к концу развития, они защищены закрытыми веками.
2nd-Sep-2018 02:48 pm - В ванной
thinking
Каждое утро я наблюдаю в ванной интересное явление. Если долго работает горячий душ, комната заполняется "паром" - микроскопичекими капельками конденсированной воды. Когда я вылезаю из душа, я включаю вентилятор на потолке, который засасывает воздух в воздухоотводную трубу. Можно ожидать, что вентилятор будет медленно выкачивать "пар", подсасывая холодный, сухой воздух из спальной через щель под дверью, но происходит другое: буквально за пару секунд воздух заметно проясняется. Типичный вентилятор поддерживает поток порядка 100 cfm, а ванная комната порядка 1000 cf в объеме: вентилятор не может столь быстро убрать пар.

Вероятно, шоковая волна, производимая вентилятором при включении, вызывает столкновения капелек с образованием небольшого числа крупных капель, которые хуже рассеивают свет и быстро выпадают из воздуха. Я слышу эту волну, но не чувствую ее. Выпадение тяжелых капелек "катализирует" процесс во всей толще воздуха.

Я читал о несколько похожем явлении для самолетов и взрывов
https://en.wikipedia.org/wiki/Prandtl%E2%80%93Glauert_singularity
https://en.wikipedia.org/wiki/Vapor_cone
https://en.wikipedia.org/wiki/Condensation_cloud
но не ожидал увидеть такое в ванной, хотя по логике в ней самые подходящие условия, чтобы наблюдать конгломерацию уже образовавшихся капелек при сравнительно низких скоростях фронта.

2nd-Sep-2018 08:36 am - Колумб. 9
thinking
http://www.popadancev.net/discovery_of_america/

Не думал, что получится.
31st-Aug-2018 08:44 pm - Линии на песке
thinking
То, что геометрия принципиально не допускает эмпирическую проверку - это такое народное поверье? Пишут:

...В старых учебниках геометрии (в т.ч. ЕМНИП и у самого Эвклида) уделялось некоторое внимание тому, что эмпирически проверить геометрию невозможно. Не физическую модель пространства, а саму геометрию. Потому что на любом чертеже линии всегда будут ненулевой толщины, все такое.

Ну вот вам пример геометрии, в которой ВСЕ положения можно проверить эмпирически.
http://mathworld.wolfram.com/FanoPlane.html
Точки в ней могут быть размером с поросенка, а прямые - в два обхвата и покрашены в синий цвет.

Если конечные геометрии не нравятся, не беда: есть геометрия Ельмслева (Hjelmslev), в которой точки и прямые можно чертить мелом на доске.
https://www.dropbox.com/s/xwnt5hikd1eee6x/Sensible%20geometry%201923%2C%201942.pdf?dl=0

В ней есть теорема Пифагора и все дела. Как ни странно, Вейль в своей книжке (откуда об этот курьезе знаю) за такую начертательность Ельмслева не хвалит, а ругает
https://books.google.com/books?id=565kXGJPkiYC&pg=PA144
Говорит, надо не о наглядности думать, а том, чтобы геометрия служила идеальной основой для астрономии и атомной физики. Как в воду глядел: позабыта та геометрия, позаброшена.

***

Это мне три дня подряд объясняли, что у истинной экономической теории такой же статус, как у эмпирически непроверяемой геометрии.

Геометрию-то за что?
This page was loaded Sep 22nd 2018, 12:38 pm GMT.